公立医院的“公立”二字，是指其单位性质是事业属性。事业单位是指国家为了社会公益目的，由国家机构举办或者由其他组织利用国有资产举办的，从事公益服务活动的社会组织。公立医院符合由国有资产举办，并且承担基础医疗方面的公益服务职能，因此是事业单位。
公立医院的举办是由政府医疗卫生机构立项，由国家投资建设，并由政府医疗卫生机构负责组织筹备运营，负责日常经费运转，负责设备配备更新，负责管理人员、专业技术人员、后勤辅助人员配备和管理。可以说，公立医院从立项，到建设、投入使用，以及人员、设备的配备，到正式运营，都是由政府负责的。
公立医院是差额事业单位。由于医院具备生产经营职能，有营利性质，因此，在事业单位分类中，公立医院被划分为公益二类事业单位，使用差额编制。其经费由地方财政差额供给，差额比例根据经营收益情况，定期不定期进行比例增减。
2017年《事业单位分类改革方案》明确规定，县级以上公立医院“取消编制，保留事业单位属性”。因此，事业单位分类改革完成之后，县级以上公立医院仍然是事业单位。但是，编制被收回，实行备案制管理，即由医院根据经营情况，核定人员配备数额，报同级机构编制部门备案。实行备案制管理之后，医院的人事管理权完全在医院本身，卫生主管部门、人事部门、机构编制部门只有监督管理权限，没有直接管理权限。
